Ubicada en el centro histórico de la Puebla de los Ángeles, es un Monumento Histórico de México desde 1981 y desde 2005 fue incluida por la UNESCO como parte del Programa Memoria del Mundo.
Fundada por el obispo Juan de Palafox y Mendoza en 1646. La creación de esta biblioteca fue aprobada por cédula real en diciembre de 1647 y reconfirmada por el papa Inocencio X en 1648. Durante más de 360 años, la Biblioteca Palafoxiana, ha estado asentada en el Antiguo Colegio de San Juan dentro del Seminario fundado por Palafox y Mendoza. Si bien la construcción de la bóveda, tal como se encuentra en nuestros días fue realizada en 1773, por el Obispo Francisco de Fabián y Fuero, quien mandó levantar los dos primeros pisos de la estantería, la cual es un fino trabajo de los ebanistas novohispanos que trabajaron de manera armoniosa las maderas de ayacahuite, polocote y cedro. Posteriormente, en el siglo XIX, se colocó un tercer nivel debido a que se había incrementado el número de volúmenes que se encontraban en la biblioteca, de hecho la biblioteca tiene 42,556 libros.
Enmarcada con detalles del estilo barroco y muros labrados, la grandeza bibliográfica reunida y resguardada en una hermosa estantería de tres niveles elaborada en cedro, fino trabajo de ebanistería poblana que data del año 1773. Su fachada es sencilla; destaca de la original el enmarcamiento del amplio cubo del zaguán; el interior luce el claustro de excelentes proporciones y varios de los salones con sus bóvedas de arista.
La biblioteca Palafoxiana es muestra de la visión del universo de los siglos XVI al XIX, orígenes de la cultura actual mexicana.
